Kegiatan persandian dalam pemerintahan telah berlangsung sejak berdirinya Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI), dimulai dari Jawatan Tehnik bagian B Kementerian Pertahanan pada masa perjuangan kemerdekaan baik di Jakarta maupun saat pemerintahan RI di Yogyakarta dan Pemerintahan Darurat RI di Bukittinggi, kemudian mendukung kegiatan diplomasi di Kementerian Luar Negeri dan Perwakilan RI di New Delhi, Den Haag, dan New York. Melalui perintah lisan Menteri Pertahanan tentang perlunya organisasi pelaksana fungsi persandian, maka dibentuk “Dinas Kode” Kementerian Pertahanan pada tanggal 4 April 1946, yang kemudian melembaga menjadi “Djawatan Sandi” dengan Surat Keputusan Menteri Pertahanan nomor 11/MP/1949 pada tanggal 2 September 1949. Dalam konteks lintasan sejarah inilah, tanggal 4 April ditetapkan sebagai Hari Persandian Republik Indonesia.

Melalui SK Presiden RIS nomor 65/1950, pada tanggal 14 Februari 1950, terjadi pemisahan struktur organisasi persandian dari Kementerian Pertahanan, yang berada langsung di bawah Presiden. Pada 22 Februari 1972 menjadi “Lembaga Sandi Negara” dengan Keppres No. 7/1972. Sejalan dengan konsolidasi/penataan struktur kelembagaan Pemerintah, terjadi perubahan landasan hokum Lembaga Sandi Negara, berturut-turut pada 18 Juli 1994 dengan Keppres Nomor 54/1994, pada 7 Juli 1999 dengan Keppres Nomor 77/1999, dan terakhir dengan Keppres Nomor 103/2001.

Lembaga Sandi Negara sudah mengalami 6 (enam) masa kepemimpinan, dimulai dari Mayor Jenderal TNI Dr. Roebiono Kertopati dari tahun 1946-1984, diikuti kepemimpinan Laksamana Muda TNI Soebardo dari tahun 1986-1998, selanjutnya oleh Laksamana Muda TNI B.O. Hutagalung dari tahun 1998-2002, lalu Mayor Jenderal TNI Nachrowi Ramli, S.E. dari tahun 2002-2008, kemudian dari tahun 2009-2011 dibawah kepemimpinan Mayor Jenderal TNI Wirjono Budiharso, S.IP, dan sekarang dipimpin oleh Mayor Jenderal TNI Dr. Djoko Setiadi, M.Si.