Berdasarkan Peraturan Kepala Lembaga Sandi Negara Nomor OT.001/PERKA.122/2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Sandi Negara, Lembaga Sandi Negara (Lemsaneg) mempunyai tugas melaksanakan tugas pemerintah di bidang persandian sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, Lemsaneg menyelenggarakan fungsi:

1. Pengkajian dan penyusunan kebijakan nasional di bidang persandian;
2. Koordinasi kegiatan fungsional dalam pelaksanaan tugas lemsaneg;
3. Fasilitas dan pembinaan terhadap kegiatan instansi pemerintah di bidang persandian;
4. Penyelenggaraan pembinaan pelayanan administrasi umum di bidang perencanaan umum, ketatausahan, organisasi dan tata laksana, kepegawaian, keuangan, kearsipan, hukum, persandian, perlengkapan dan rumah tangga.

Struktur Organisasi Lemsaneg adalah sebagai berikut: