Sekretariat Utama (Settama), mempunyai tugas mengkoordinasikan perencanaan, pembinaan, dan pengendalian terhadap program, administrasi, dan sumber daya di lingkungan LEMSANEG.

Dalam melaksanakan tugas dimaksud, Settama menyelenggarakan fungsi:

1. Pengkoordinasian, sinkronisasi, dan integrasi di lingkungan LEMSANEG;
2. Pengkoordinasian perencanaan dan perumusan kebijakan teknis LEMSANEG;
3. Pembinaan dan pelayanan administrasi ketatausahaan, organisasi dan tata laksana, kepegawaian, hukum, humas, keuangan, kearsipan, persandian, perlengkapan, dan rumah tangga LEMSANEG;
4. Pengkoordinasian penyusunan peraturan perundang-undangan yang berkaitan dengan tugas LEMSANEG; dan
   
5. Pengkoordinasian dalam penyusunan laporan LEMSANEG.

Settama terdiri dari:

1. Biro Perencanaan, Hukum, Kepegawaian, dan Hubungan Masyarakat; dan
2. Biro Umum.