Deputi Bidang Pengamanan Persandian (Deputi II), mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang pengamanan persandian.

Dalam melaksanakan tugas dimaksud, Deputi II menyelenggarakan fungsi :

1. Perumusan kebijakan teknis pelaksanaan, pemberian bimbingan dan pembinaan di bidang pengamanan persandian;
2. Pengendalian terhadap kebijakan teknis di bidang pengamanan persandian;
3. Pelaksanaan pengamanan sinyal;
4. Pelaksanaan kegiatan analisis sinyal;
5. Pelaksanaan dukungan materiil sandi;
6. Pelaksanaan tugas sesuai dengan kebijakan yang ditetapkan oleh Kepala.

Deputi II terdiri dari:

1. Direktorat Pengamanan Sinyal;
2. Direktorat Analisis Sinyal; dan
3. Direktorat Materiil Sandi.