Deputi Bidang Pengkajian Persandian (Deputi III), mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang pengkajian persandian.

Dalam melaksanakan tugas dimaksud, Deputi III menyelenggarakan fungsi:

1. Perumusan kebijakan teknis pelaksanaan dan pemberian bimbingan di bidang pengkajian dan pengembangan persandian;
2. Pengendalian terhadap kebijakan teknis di bidang pengkajian dan pengembangan persandian;
3. Pelaksanaan pengkajian dan pengembangan kriptografi;
4. Pelaksanaan pengkajian dan pengembangan peralatan sandi;
5. Pelaksanaan pengkajian dan pengembangan komunikasi sandi;
6. Pelaksanaan tugas sesuai dengan kebijakan yang ditetapkan oleh Kepala.

Deputi III terdiri dari:

1. Pusat Pengkajian Kriptografi;
2. Pusat Pengkajian Peralatan Sandi; dan
3. Pusat Pengkajian Komunikasi Sandi